В 1882 году по инициативе Александра lll был учрежден Геологический комитет для создания коллекции ценных камней. Однако более 30 лет разрастающаяся коллекция образцов минералов и геологических пород не имела собственного помещения!
В начале XX века благодаря академику Ф. Чернышеву государство выделило деньги и участок земли на Васильевском острове для постройки сооружения.
Возведение здания закончилось в 1914-ом, но для посещения музей стал доступен только в 1930 году. Тогда он стал называться в честь Чернышева, а через 5 лет был переименован в Геологоразведочный.
Под музейную экспозицию был выделен последний этаж, но через 15 лет музей занял все здание!
Самый популярный экспонат музея – карта СССР, созданная в мозаичной технике из полудрагоценных камней в 1937 году к двадцатилетию Великой Октябрьской революции.